Hier folgt eine Liste aller in tRNAPhe enthaltenen Nucleoside (die Konformationen der hier gezeigten Modelle sind anders als in der tRNA): Adenosin(A, 5,9,13,14,21,23,29,31,35,36,38,39,44,62,64,66,67,73,76) in tRNA: an - aus zurücksetzen 1-Methyladenosin (1MA, 58) in tRNA: an - aus zurücksetzen Guanosin(G, 1,3,4,15,18-20,22,24,30,42,43,45,51,53,57,65,71) in tRNA: an - aus zurücksetzen N2-Methylguanosin (2MG, 10) in tRNA: an - aus zurücksetzen N2-Dimethylguanosin (M2G, 26) in tRNA: an - aus zurücksetzen 7-Methylguanosin (7MG, 46) in tRNA: an - aus zurücksetzen O2'-Methylguanosin (OMG, 34) in tRNA: an - aus zurücksetzen Cytidin(C, 2,11,13,25,27,28,48,56,60,61,63,70,72,74,75) in tRNA: an - aus zurücksetzen 5-Methylcytidin (5MC, 40,49) in tRNA: an - aus zurücksetzen O2'-Methylcytidin (OMC, 32) in tRNA: an - aus zurücksetzen Uridin(U, 6-8,12,33,41,49,50,52,59,68,69) in tRNA: an - aus zurücksetzen 5-Methyluridin (5MU, 54) in tRNA: an - aus zurücksetzen 5,6-Dihydrouridin (H2U, 16,17) in tRNA: an - aus zurücksetzen Pseudouridin (PSU, 39,55) in tRNA: an - aus zurücksetzen Wybutosin (YG, 37) in tRNA: an - aus zurücksetzen In tRNAPhe gepaarte Basen sind: G 1 - C 72 C 2 - G 71 G 3 - C 70 G 4 - U 69 : nicht-Watson-Crick A 5 - U 68 U 6 - A 67 U 7 - A 66 U 8 - A 14 - A 21 : nicht-W-C/Dreifachpaar A 9 - U 12 - A 23 : Dreifachpaar 2MG 10 - C 25 - G 45 : Dreifachpaar C 11 - G 24 - G 45 : Dreifachpaar C 13 - G 22 - 7MG 46 : Dreifachpaar G 15 - C 48 : nicht-Watson-Crick H2U 16 - U 59 : nicht-Watson-Crick G 18 - PSU 55 : nicht-Watson-Crick G 19 - C 56 M2G 26 - A 44 : nicht-Watson-Crick C 27 - G 43 C 28 - G 42 A 29 - U 41 G 30 - 5MC 40 A 31 - PSU 39 : nicht-Watson-Crick OMC 32 - A 38 : nicht-Watson-Crick 5MC 49 - G 65 U 50 - A 64 G 51 - C 63 U 52 - A 62 G 53 - C 61 5MU 54 - 1MA 58 : nicht-Watson-Crick Nucleotide vom Akzeptor zum Anticodon Ungepaarte Basen im Akzeptor-Arm (A73, C74, C75, A76) im D-Arm (H2U17,G20) im Anticodon-Arm (U33, YG37) im Anticodon (OMG34, A35, A36) in der variablen Schlaufe (U47) im T psi C-Arm (G57, C60) Die 'Arm'-Bezeichnungen stammen aus der Zeit, als nur die Sekundärstruktur der tRNA bekannt war ('Kleeblatt'). In der Tertiarstruktur führt das allenfalls zu Verwirrung . Die rot und dunkelgrün markierten Teile der Struktur sind Magnesiumionen, die teilweise durch Wasser koordiniert sind. Sie sind nicht für die Faltung der tRNA wichtig, stabilisieren aber die fertige Form. Ein Magnesium in der variablen Schlaufe ist vollständig (tetraedrisch) von Wasser umgeben (hier als rote Kugeln dargestellt) . Dieses Wasser ist an die Phosphatreste der Nucleotide U8 bis U12 durch Wasserstoffbrücken gebunden . Ein anders von sechs Wassermolekülen umgebenes Magnesium befindet sich im Anticodon-Arm , es wird durch G24, C25 und 5MC40 - G42 gebunden . Einige weitere fest gebundene Wassermoleküle sind an Wasserstoffbrücken beteiligt . Andere Magnesiumionen werden direkt von den Phosphat-Sauerstoffatomen gebunden, z. B. durch G19 durch G20, A21 Die Ribose-Phosphat-Kette der tRNA wird teilweise durch Wassermoleküle stabilisiert, gezeigt hier am Beispiel des T psi C-Arms (G51 - U59) . Die Wassermoleküle binden an die Phosphat-Sauerstoffatome und überbrücken je zwei Nucleotide . Je zwei Wassermoleküle verbinden über Wasserstoffbrücken die 2'-Hydroxylgruppe der Ribose mit dem Phosphat des nächsten Nucleotides, z. B. . Die Basen von D-Arm und T psi C-Arm sind fest aneinander gebunden, dieser zentrale Teil des Moleküls ist am starrsten aufgebaut , wie aus den Temperaturfaktoren der Röntgenstrukturdaten hervorgeht (blau = starr, rot = beweglich). Literatur: H Shi & PB Moore, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 Å resolution: A classic structure revisited, RNA 6 (2000) 1091-1105 L Jovine et al, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 2.0 Å resolution: Cleavage by Mg2+ in 15-year old crystals, J. Mol. Biol. 301 (2000) 401-414 10-01 - Rolf Bergmann
In tRNAPhe gepaarte Basen sind:
Nucleotide vom Akzeptor zum Anticodon Ungepaarte Basen im Akzeptor-Arm (A73, C74, C75, A76) im D-Arm (H2U17,G20) im Anticodon-Arm (U33, YG37) im Anticodon (OMG34, A35, A36) in der variablen Schlaufe (U47) im T psi C-Arm (G57, C60) Die 'Arm'-Bezeichnungen stammen aus der Zeit, als nur die Sekundärstruktur der tRNA bekannt war ('Kleeblatt'). In der Tertiarstruktur führt das allenfalls zu Verwirrung . Die rot und dunkelgrün markierten Teile der Struktur sind Magnesiumionen, die teilweise durch Wasser koordiniert sind. Sie sind nicht für die Faltung der tRNA wichtig, stabilisieren aber die fertige Form. Ein Magnesium in der variablen Schlaufe ist vollständig (tetraedrisch) von Wasser umgeben (hier als rote Kugeln dargestellt) . Dieses Wasser ist an die Phosphatreste der Nucleotide U8 bis U12 durch Wasserstoffbrücken gebunden . Ein anders von sechs Wassermolekülen umgebenes Magnesium befindet sich im Anticodon-Arm , es wird durch G24, C25 und 5MC40 - G42 gebunden . Einige weitere fest gebundene Wassermoleküle sind an Wasserstoffbrücken beteiligt . Andere Magnesiumionen werden direkt von den Phosphat-Sauerstoffatomen gebunden, z. B. durch G19 durch G20, A21 Die Ribose-Phosphat-Kette der tRNA wird teilweise durch Wassermoleküle stabilisiert, gezeigt hier am Beispiel des T psi C-Arms (G51 - U59) . Die Wassermoleküle binden an die Phosphat-Sauerstoffatome und überbrücken je zwei Nucleotide . Je zwei Wassermoleküle verbinden über Wasserstoffbrücken die 2'-Hydroxylgruppe der Ribose mit dem Phosphat des nächsten Nucleotides, z. B. . Die Basen von D-Arm und T psi C-Arm sind fest aneinander gebunden, dieser zentrale Teil des Moleküls ist am starrsten aufgebaut , wie aus den Temperaturfaktoren der Röntgenstrukturdaten hervorgeht (blau = starr, rot = beweglich). Literatur: H Shi & PB Moore, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 Å resolution: A classic structure revisited, RNA 6 (2000) 1091-1105 L Jovine et al, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 2.0 Å resolution: Cleavage by Mg2+ in 15-year old crystals, J. Mol. Biol. 301 (2000) 401-414 10-01 - Rolf Bergmann
Ungepaarte Basen
Die 'Arm'-Bezeichnungen stammen aus der Zeit, als nur die Sekundärstruktur der tRNA bekannt war ('Kleeblatt'). In der Tertiarstruktur führt das allenfalls zu Verwirrung . Die rot und dunkelgrün markierten Teile der Struktur sind Magnesiumionen, die teilweise durch Wasser koordiniert sind. Sie sind nicht für die Faltung der tRNA wichtig, stabilisieren aber die fertige Form. Ein Magnesium in der variablen Schlaufe ist vollständig (tetraedrisch) von Wasser umgeben (hier als rote Kugeln dargestellt) . Dieses Wasser ist an die Phosphatreste der Nucleotide U8 bis U12 durch Wasserstoffbrücken gebunden . Ein anders von sechs Wassermolekülen umgebenes Magnesium befindet sich im Anticodon-Arm , es wird durch G24, C25 und 5MC40 - G42 gebunden . Einige weitere fest gebundene Wassermoleküle sind an Wasserstoffbrücken beteiligt . Andere Magnesiumionen werden direkt von den Phosphat-Sauerstoffatomen gebunden, z. B. durch G19 durch G20, A21 Die Ribose-Phosphat-Kette der tRNA wird teilweise durch Wassermoleküle stabilisiert, gezeigt hier am Beispiel des T psi C-Arms (G51 - U59) . Die Wassermoleküle binden an die Phosphat-Sauerstoffatome und überbrücken je zwei Nucleotide . Je zwei Wassermoleküle verbinden über Wasserstoffbrücken die 2'-Hydroxylgruppe der Ribose mit dem Phosphat des nächsten Nucleotides, z. B. . Die Basen von D-Arm und T psi C-Arm sind fest aneinander gebunden, dieser zentrale Teil des Moleküls ist am starrsten aufgebaut , wie aus den Temperaturfaktoren der Röntgenstrukturdaten hervorgeht (blau = starr, rot = beweglich). Literatur: H Shi & PB Moore, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 Å resolution: A classic structure revisited, RNA 6 (2000) 1091-1105 L Jovine et al, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 2.0 Å resolution: Cleavage by Mg2+ in 15-year old crystals, J. Mol. Biol. 301 (2000) 401-414 10-01 - Rolf Bergmann
Die rot und dunkelgrün markierten Teile der Struktur sind Magnesiumionen, die teilweise durch Wasser koordiniert sind. Sie sind nicht für die Faltung der tRNA wichtig, stabilisieren aber die fertige Form. Ein Magnesium in der variablen Schlaufe ist vollständig (tetraedrisch) von Wasser umgeben (hier als rote Kugeln dargestellt) . Dieses Wasser ist an die Phosphatreste der Nucleotide U8 bis U12 durch Wasserstoffbrücken gebunden . Ein anders von sechs Wassermolekülen umgebenes Magnesium befindet sich im Anticodon-Arm , es wird durch G24, C25 und 5MC40 - G42 gebunden . Einige weitere fest gebundene Wassermoleküle sind an Wasserstoffbrücken beteiligt . Andere Magnesiumionen werden direkt von den Phosphat-Sauerstoffatomen gebunden, z. B. durch G19 durch G20, A21 Die Ribose-Phosphat-Kette der tRNA wird teilweise durch Wassermoleküle stabilisiert, gezeigt hier am Beispiel des T psi C-Arms (G51 - U59) . Die Wassermoleküle binden an die Phosphat-Sauerstoffatome und überbrücken je zwei Nucleotide . Je zwei Wassermoleküle verbinden über Wasserstoffbrücken die 2'-Hydroxylgruppe der Ribose mit dem Phosphat des nächsten Nucleotides, z. B. . Die Basen von D-Arm und T psi C-Arm sind fest aneinander gebunden, dieser zentrale Teil des Moleküls ist am starrsten aufgebaut , wie aus den Temperaturfaktoren der Röntgenstrukturdaten hervorgeht (blau = starr, rot = beweglich). Literatur: H Shi & PB Moore, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 Å resolution: A classic structure revisited, RNA 6 (2000) 1091-1105 L Jovine et al, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 2.0 Å resolution: Cleavage by Mg2+ in 15-year old crystals, J. Mol. Biol. 301 (2000) 401-414 10-01 - Rolf Bergmann
Die Ribose-Phosphat-Kette der tRNA wird teilweise durch Wassermoleküle stabilisiert, gezeigt hier am Beispiel des T psi C-Arms (G51 - U59) . Die Wassermoleküle binden an die Phosphat-Sauerstoffatome und überbrücken je zwei Nucleotide . Je zwei Wassermoleküle verbinden über Wasserstoffbrücken die 2'-Hydroxylgruppe der Ribose mit dem Phosphat des nächsten Nucleotides, z. B. . Die Basen von D-Arm und T psi C-Arm sind fest aneinander gebunden, dieser zentrale Teil des Moleküls ist am starrsten aufgebaut , wie aus den Temperaturfaktoren der Röntgenstrukturdaten hervorgeht (blau = starr, rot = beweglich). Literatur: H Shi & PB Moore, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 Å resolution: A classic structure revisited, RNA 6 (2000) 1091-1105 L Jovine et al, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 2.0 Å resolution: Cleavage by Mg2+ in 15-year old crystals, J. Mol. Biol. 301 (2000) 401-414 10-01 - Rolf Bergmann
Die Basen von D-Arm und T psi C-Arm sind fest aneinander gebunden, dieser zentrale Teil des Moleküls ist am starrsten aufgebaut , wie aus den Temperaturfaktoren der Röntgenstrukturdaten hervorgeht (blau = starr, rot = beweglich). Literatur: H Shi & PB Moore, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 1.93 Å resolution: A classic structure revisited, RNA 6 (2000) 1091-1105 L Jovine et al, The crystal structure of yeast phenylalanine tRNA at 2.0 Å resolution: Cleavage by Mg2+ in 15-year old crystals, J. Mol. Biol. 301 (2000) 401-414 10-01 - Rolf Bergmann
